В практике тантры и в частности в Лайя-йоге придается огромное значение внутренней работе с каналами, ветрами и энергетическими субстанциями (нади, прана, бинду). Мастерство в управлении энергией является ключом, раскрывающим недоступные обычными методами сутры глубинные слои сознания, обнажая светоносную природу ума вне двойственности.
Принципы работы с внутренней энергией излагаются в особом разделе Лайя-йоги - Шакти-янтре (Вселенная энергии), в которой Кундалини-йога, Шат-чакра-йога являются составными ее частями, описывающие высшие уровни практики, связанные с управлением и контролем элементов внутри тела.